基础文档

Gaia 的概念性基础文档，按理论、生态系统、Gaia Lang 设计、Gaia IR 设计、推理后端、审查管线和 CLI 工作流组织。

与 Python 模块一一对应的 per-name API 文档不在这里维护；请看 Python API Reference，它从当前代码的 docstring 和 type hints 自动生成。这里保留的是心智模型、设计边界、持久化契约和跨模块语义。

theory/ — 理论基础

推导链：plausible-reasoning → maxent-grounding → propositional-operators → reasoning-strategies → formalization-methodology → factor-graphs → belief-propagation → causality-and-jaynes

四层结构：

Layer 1 — Jaynes 理论（纯理论，不涉及因子图/BP）： - 01-plausible-reasoning.md — Cox 定理、概率唯一性、弱三段论 - 02-maxent-grounding.md — MaxEnt/Min-KL、从约束到后验

Layer 2 — 科学本体论（命题与算子，不涉及因子图/BP）： - 03-propositional-operators.md — 最小原料 {¬, ∧, π}、派生算子、↝ 软蕴含、完备性 - 04-reasoning-strategies.md — 知识类型、九种推理策略作为 ↝ 微观结构 - 05-formalization-methodology.md — 从科学文本到命题网络的方法论

Layer 3 — 计算方法（因子图 + BP 作为大规模近似）： - 06-factor-graphs.md — 命题网络到因子图的映射、势函数 - 07-belief-propagation.md — BP 近似推理算法

Layer 4 — 本体扩展（v0.6+，因果机制作为平行本体）： - 08-causality-and-jaynes.md — 三层本体（命题 / 推理步 / 世界结构）、Mechanism 与 Jaynesian 命题层的边界、do() 查询语义

生态系统 — 设计哲学（极少变更）

产品范围 — Gaia 是什么、为何存在
去中心化架构 — 去中心化包管理和推理架构
包的创建与发布 — 作者从创建包到发布的旅程
Registry 运作 — 注册、去重、推理链激活
审核与策展 — Review Server + LKM curation
多级推理与质量涌现 — 三级推理、错误修正
文档维护策略 — 文档维护规则

Gaia Lang — 编著语言设计

知识类型与推理语义 — Gaia Lang 的心智模型、Action 层、helper claim 和 legacy 边界
Formula Logic — claim(formula=...)、FormulaGraph、formula diagnostics 与 BP/probability 的分工
谓词逻辑 — Variable、Domain、Formula AST、forall/exists 与 grounding/lowering 边界
Bayes 语义 — 模型、预测分布、似然和 Bayes action 的语义边界
包模型 — pyproject.toml、命名规范、目录布局、priors.py
Python API Reference — per-name API、signature 和 docstring 自动生成

Gaia IR — CLI 与 LKM 之间的共享契约

概述 — Gaia IR 与相邻层总览
结构定义 — Knowledge、Strategy、Operator、FormalExpr
Identity And Hashing — 对象身份、内容指纹与图哈希的边界
Helper Claims — 中间 claim 的 public/private 边界与命名约定
规范化 — local canonical 到 global canonical 的映射契约
参数定义 — 原子记录、resolution policy
Lowering — Gaia IR 被 backend 消费时的 lowering 边界
Validation — Gaia IR 的结构校验与分层边界
Gaia IR API — Pydantic models、字段、类型签名和源码入口自动生成

BP — 基于 Gaia IR 的计算

因子势函数 — 各因子类型的势函数
推理 — BP 算法应用于 Gaia IR
Diagnostic Probabilities — 用 joint query 为 logic warning 计算 reviewer-facing 概率
局部与全局 — CLI 局部推理 vs LKM 全局推理
BeliefState — BP 输出、可重现性

Review — 审查管线

审阅管线 — 验证 → 审阅 → 门控

CLI — 本地编著与推理

工作流 — compile → check → infer → register 完整管线
编译与校验 — gaia build compile / gaia build check 内部机制
推理管线 — gaia run infer：priors.py、参数化、BP
注册流程 — gaia pkg register 与 registry 协议

LKM — 计算注册中心（服务端）

LKM 文档已迁移至 gaia-lkm 仓库维护。